La Fundación ESPE está dirigida por una Junta Directiva conformada por un Presidente y los cuatros Directores responsables de cada uno de los Comités permanentes que conforman la organización. Tanto el Presidente como los Directores son elegibles para servir hasta tres términos de cuatro años.
La Junta Directiva conjuntamente con los Comités establecen las políticas y dirección estratégica de la Fundación, así como evalúan y aprueban las iniciativas, patrocinios , inversiones y procesos de auditoría. Tanto la Junta Directiva como los Comités cuentan con sus respectivos estatutos bajo los cuales enmarcan su operación.
